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在科技部研究的自主知识产权认定指南中，对自主知识产权作如下定义：所称自主知识产权是指中国的公民(自然人)、法人或非法人单位经过其主导的研究开发或设计创作活动而形成的、依法拥有的能够独立自主实现某种技术知识资产的所有权。其中包括从其他国家自然人、法人或非法人单位那里购得的知识产权。自主知识产权包括权利主体自主和权利客体自主两个方面。
所谓自主是指权利人能够独立自主地、不受相关知识产权原权利人的影响、实现某种知识产权资产的财产价值的权利。自主知识产权有自主研制和自主拥有之分:
自主研制,主要是指在一国疆域范围内,由本国的公民、企业法人或非法人机构对其自主研制、开发、生产的“知识产品”所享有的一种专有权利。
自主拥有, 广义的自主知识产权的获得途径除了自主研制外，还包括获得许可购买他国或他人专利、专有技术、商标、软件等权利而拥有的专有权利。
从一般意义上来说，自主知识产权必须是只能由某一个特定的独立的单一社会主体独自占有的，并依法有权独立决定如何运用的商标权、专利权等工业产权。自主知识产权是一个具有中国特色的概念。它是知识经济时代的一种新的权利主张，具有主体本土化、权属域内化、权力集成化和私权公权化等四大特征。在现实的社会经济生活中，任何一个社会行为主体都可以通过买断等其他方式取得对某一具体知识产权的独自占有权和独自的运用权，有时也可以把这种已经取得到的独自占有权和独自运用权，看作是已经实现了对知识产权的“自主”，即实现了有权对某一知识产权的独自占有和独自决定如何应用。但这只是问题的一个方面，从另一个方面来说，作为更具有现实性，更具有实际意义的自主知识产权是指某一特定的社会行为主体如企业等在通过自己的人员，利用自己的物质条件，在作出一定的行为如技术创新、技术开发等并取得一定的智力成果等以后，依法对其成果取得的知识产权。
特征
“自主知识产权”的原始取得性，也就是说主要以自行研发、委托研发、合作研发等原始取得的方式取得。
“自主知识产权”要求知识产权人的创造性行为蕴含于知识产品中。创造性包括开拓性的发明创造，也包括在原有技术基础上的改进、组合。
“自主知识产权”取得和存在的国家认定性，也就是说需要国家有关机构的权利认定。
权利
在中国境内(不含港、澳、台地区)注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权;
《高新技术企业认定管理工作指引》所称的独占许可是指在全球范围内技术接受方对协议约定的知识产权(专利、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等)享有五年以上排他的使用权，在此期间内技术供应方和任何第三方都不得使用该项技术。
高新技术企业认定所指的核心自主知识产权须在中国境内注册，或享有五年以上的全球范围内独占许可权利(高新技术企业的有效期应在五年以上的独占许可期内)，并在中国法律的有效保护期内。
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