虽然个人独资企业和个体工商户都具有设立灵活、登记手续简便等特点，但两者的区别还是不少：
1、是投资主体和财产所有权不同。个人独资企业只能由一个自然人投资，其财产为投资人个人所有。个体工商户可以个人投资，也可以家庭投资经营，个人投资的财产所有权为个人所有，家庭投资的财产为家庭所有。
2、是企业经营权不同。个人独资企业的投资人可以委托或聘用他人管理个人独资企业事务，即所有权与经营权可以分离。个体工商户的投资者与经营者必须为同一人，即投资设立个体工商户的自然人。相比之下，个人独资企业的经营形式更加灵活。
3、是民事责任形式不同。个人独资企业以投资人个人财产对企业债务承担无限责任。个体工商户个人经营的，是以个人全部财产承担民事责任；家庭经营的，以家庭全部财产承担民事责任。但个体工商户中即使是个人投资，如果家庭享受个人投资所得，也需以家庭财产承担责任。
4、是经营方式不同。个人投资企业规模相对较大，可以成立工会，也可以设立分支机构，还可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人，但由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。而根据规定，个体工商户不能设立分支机构。个体户一般只是有固定的店铺、摊档，有的甚至走街串巷的经营模式。从现在的规定看，个体工商户可以根据经营情况请一、二个帮手；有技术的个体工商户可以带三、五个学徒。当然在鼓励个体户的发展中，有的个体户也有做到很大的。
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